Phylogenetic analysis by Koepfli and Wayne in 1998 found the giant otter has the highest divergence sequences within the otter subfamily, forming a distinct clade that split away 10 to 14 million years ago. Phân tích phát sinh chủng loại của Koepfli và Wayne năm 1998 đã phát hiện ra rằng rái cá lớn có trình tự di truyền khác biệt cao nhất trong phân họ rái cá, tạo thành một nhánh riêng biệt đã tách ra vào 10-14 triệu năm trước.